Действие фильма происходит через несколько лет после финала картины «Малефисента», в котором Малифисента наложила злые чары на принцессу Аврору. Сюжет фильма «Малефисента: Владычица тьмы» продолжает изучать сложную взаимосвязь между тёмной феей и будущей королевой. Зрители узнают о новых союзниках и противниках в деле защиты волшебного леса и магических существ, которые в нём обитают.